日本土佐犬一般在每年3月到5月份和9到11月份掉毛比较严重，这时候狗狗开始季节性换毛，适应气候变化。当狗狗的毛长到一定阶段，毛根脱离毛囊，毛囊将长出新毛，将旧毛推出。

通常情况下日本土佐犬每年3月到5月份和9到11月份都会发生掉毛的情况。这两个阶段因为狗狗处在换毛期，因此掉毛比较严重。一般春天换的毛发能够阻隔环境下的温度，维持狗狗体内的温度相对稳定单独，避免环境温度太热造成狗狗患有热射病。秋天狗狗换毛之后，毛发一般具有保温的功效，可以帮助狗狗在寒冷的冬季御寒。此外，有些狗狗由于饲养环境感染病菌引起真菌性皮肤病、细菌性皮肤病，饮食不合规、肌肤被毛质量差等因素，也会出现严重的掉毛的情况，这种需要带狗狗到专业的宠物诊所检查确诊，随后对症给予用药治疗。